O IEN, de acordo com a sua Política de Segurança, Meio Ambiente e Saúde, mantém um Programa de Monitoração Ambiental - PMA, um Programa de Gerenciamento de Rejeitos Radioativos - PGRR, um Plano de Proteção Radiológica e um Plano de Emergências. Neste sentido, o Instituto garante que os processos que envolvem a utilização de materiais radioativos sejam controlados pelo Serviço de Proteção Radiológica.

São realizadas medidas para avaliação da dose gama ambiental utilizando a técnica de dosimetria termoluminescente. Atualmente, para este procedimento, estão instalados ao redor do Instituto 10 dosímetros termoluminescentes (TLD), cuja avaliação é feita semestralmente. Os resultados apresentados atestam que não têm ocorrido impactos por radiações ionizantes.

As emissões atmosféricas oriundas do processo de produção de radiofármacos, após passarem por filtros especiais, são avaliadas por espectrometria gama, para assegurar que os efluentes gasosos não apresentem índices superiores aos recomendados pelas normas. Os efluentes líquidos gerados nos processos, de igual modo, são monitorados em tanques de decaimento, garantindo que as emissões liberadas estejam sempre nos níveis recomendados.